1525
Die Mönche bewohnten und bewirtschafteten den Gotthardsberg nur annähernd ein Jahrhundert lang. Nachdem Götz von Berlichingen mit seinen Truppen in Amorbach sein Hauptquartier aufgeschlagen hatte, wurde am 4. Mai 1525 die Wildenburg niedergebrannt. Am gleichen Tag ging auch ein Teil der Bebauung auf dem Gotthardsberg in Flammen auf.
In der Lebensbeschreibung des Götz von Berlichingen findet der Gotthardsberg keine Erwähnung. Jedoch wählt Goethe für seine Szene nahe Miltenberg einen Hintergrund indem „(…) in der Ferne zwei Dörfer brennen und ein Kloster“. Durchaus denkbar, dass es sich hierbei um eine Anspielung auf den Gotthardsberg handeln könnte.
Aus einem Akt im Archiv des Fürstenhauses zu Leiningen (FL Archiv, 3-40-3) geht hervor, wie der Amorbacher Abt Schadensersatzforderungen gegen die Bürgerschaft stellt. Dabei wird auch beschrieben, dass nach den Verheerungen durch die aufständigen Bauern hölzerne Fenster- und Türgewände, sowie das Chorgestühl aus der Kirche auf dem Gotthardsberg entwendet wurden.
Die vollständig aus Stein ausgeführte Kirche dürfte demzufolge vom Niederbrennen verschont geblieben sein. Auch die weiteren Brandzerstörungen des Jahres 1525 dürften bei weitem nicht so umfassend gewesen sein, wie ursprünglich angenommen. Das in Fachwerktechnik errichtete Prioratshaus fiel dagegen, dem archäologischen Befund folgend, in Schutt und Asche. Der Weinkeller im Ostteil des Gebäudes mit seinem Tonnengewölbe dürfte jedoch weiterhin genutzt worden sein. Ebenfalls noch intakt war der östlich des Prioratshauses gelegene, etwas kleinere Gewölbekeller.
- Rekonstruktion einer Halbzylinderkachel mit geschlossenem Vorsatzblatt mit Falken, an einer Blüte riechend.
- Rekonstruktion einer Halbzylinderkachel mit geschlossenem Vorsatzblatt mit Marienkrönung.
Bei der archäologischen Untersuchung erwies sich der Brandschutt im Prioratshaus als weitgehend fundfrei. Auffällig ist der geringe Anteil zeitgenössischer Keramik. Kleinteilig zerscherbte Kacheln belegen für das dortige Erdgeschoss einen mehrfarbig glasierten Ofen. Die vielgestaltige Bildsprache zeigt neben Rosen als marianisches Symbol unter anderem einen Falken, der an einer Blume riecht und die Marienkrönung. Geradezu lasziv wirken Reliefs mit der auf Aristoteles reitenden Phyllis.
Die Brandverheerung ist nicht als spontaner Eingriff in ein kontinuierlich in Nutzung stehendes Bauensemble zu sehen. Sie markiert vielmehr das endgültige Aus für die bisherige Funktion einer Vielzahl von Gebäuden.
Der amtierende Abt des Klosters Amorbach listete die durch Bürger seiner Stadt angerichteten Schäden auf. In der Schriftquelle ist auch davon die Rede, dass sich die Amorbacher die kammerlatten, also die hölzernen Rankhilfen, aus den Weinstöcken am Südhang des Gotthardsbergs holten und aus diesen Feuerholz machten. Das Kloster scheint demzufolge nicht darum bemüht gewesen zu sein, sofort nach den Verheerungen die Kontrolle über das Areal wiederzuerlangen. Von einem Fortbestand des Wirtschaftsbetriebes auf dem Berg wurde Abstand genommen. Dies zeigt auch die Entnahme von Hausteinen und steinernen Bodenplatten im Erdgeschoß des Prioratshauses. Die Aufbereitung der landwirtschaftlichen Erzeugnisse der dem Priorat zugehörigen Ländereien erfolgte ab dieser Zeit vollständig auf dem Areal des Klosters im Tal. Hierfür notwendige, zusätzliche Gebäude zeichnen sich bis heute im Weichbild der Stadt Amorbach deutlich ab. Ein zweiter Grund für die Aufgabe der Besiedelung auf dem Gotthardsberg dürfte die mit dem Brand einhergegangene Zerstörung der Infrastruktur, insbesondere der Wasserversorgung, gewesen sein.

